У меня это было по двум причинам
1) Надо сделать что-то типа indexmaker /etc/mrtg/*.cfg > /var/www/mrtg/index.html
2) На 64-ех битных системах есть определенные проблемы с Perl, что приводит к невозможности рисовать картинки mrtg (статистику он ведет, картинки не рисует). Надо править то, на что есть ругань в журналах
3) Не забыть проверить, как поживает крон и когда он будет вызывать mrtg