А вот мне кажется, что более важно защитить открытые, т.е. бесплатные для юридических лиц дистрибутивы - те-же стартеркиты.
В порядке бреда:
При установке открытого дистрибутива, на одном из этапов его установки, у устанавливающего выскакивает окно, с предложением - если вы юридическое лицо, вы можете создать контрольный файл, далее скрипт убеждается, что устанавливается именно тот дистрибутив, "который он ожидал установить", у пользователя спрашивается название его организации, фамилию устанавливающего, и возможно ещё какие-то параметры, например дату (кстати промкомпы могут и не иметь биусного времени), и на основе этих данных создаётся зашифрованный файл и считается контрольная сумма.
Далее должен быть создан какой-то акт о принятии свободного ПО на баланс, а это файл должен хранится в двух экземплярах - один на самом компе, а другой в архиве. В случае проверки предъявляется аки о свободной установке дистрибутива из архива, и на компе, предъявлются сами файлы, их контрольная сумма, содержимое и проверяется, что брендинг, установленный на комп не изменился.
Если это не напрягает ООО, возможна регистрация таких файлов (и соответственно установок свободных дистрибутивов у юридических лиц) в качестве дополнительной страховки.
Тут конечно могут возникнуть вопросы, что установят закрытый Kdesktop, а зарегистрируют, как стартеркит KDE, но по-моему от этого нет технической защиты.