Все ниже написанное мое ИМХО.
Не думаю что ООО сделает свободную лицензию для школ. Но полагаю что в большинстве случаев вопрос с лицензированием можно будет решить в индивидуальном порядке.
ООО чтобы жить нужны деньги. С учетом расходов на поддержание инфраструктуры и разработку дистрибутива оно всегда будет по цене внедрения конкурентно проигрывать "вольным интеграторам" у которых этих расходов нет. Соответственно решения два - грант от государства покрывающий расходы ООО на инфраструктуру и разработку, или лицензии которые нельзя (или достаточно сложно) обойти при корпоративных внедрениях, в том числе в системе образования.
Гранта суда по всему не предвидится, значит остается единственный вариант с лицензиями.